スクナビコナは、国造りの協力神、常世の神、医薬・温泉・禁厭（まじない）・穀物・知識・酒造・石の神など多様な性質を持つ。
酒造に関しては、酒は古来薬の一つとされ、スクナビコナが酒造りの技術を広めたことと、神功皇后が角鹿（敦賀）より還った応神天皇を迎えたときの歌に「少名御神」の名で登場することから、酒造の神であるといえる。
石に関しては、記述よりそうした面が見られると想像されるだけであり、あくまで性質的なものである。
日本神話最小の神・スクナビコナの登場は、なんとも謎めいています。
あるときオオクニヌシのもとに、ミソサザイの羽を身にまとったとても小さな神が、海の向こうからガガイモのサヤに乗ってやってきます。この不思議な神の正体を探ろうと、オオクニヌシが周りの神々に尋ねると、ヒキガエルがクエビコなら知っているだろうと答えます。クエビコとはカカシのこと。物知りなクエビコは、この小さな神がカムムスヒの子のスクナビコナだと答えました。
天にいるカムムスヒは、スクナビコナが小さすぎて指の間から落ちてしまったのだといい、これからはオオクニヌシと兄弟となって国作りに励むよう命じました。そこから二神の国作りははじまります。
古事記には国作りの内容は記されていません。しかしスクナビコナの正体が田に住むカエルやカカシによって明かされたことを考えると、稲作に関わることだったと推測されます。「播磨国風土記」や「出雲国風土記」にオオクニヌシとスクナヒコナが一緒に稲を運ぶ様子が描かれていることも、そのことを示しています。
また日本書紀には、二神が人間や家畜のために病を治す方法を定めたとあります。医術も広めたということです。「伊豆国風土記逸文」にも、オオクニヌシとスクナビコナが人間たちが早く死ぬことを哀れんで、薬と温泉の使い方を教えたとあります。日本では健康のために温泉に入ることが古くから行われていました。その背景には、この二神の存在があったということでしょう。全国各地の温泉地に二神を祀る神社があります。
医療・薬事をつかさどる神、少彦名命
少彦名命(スクナヒコナ)は、大国主神(オオクニヌシ)の有力な右腕となり、出雲建国のために活躍します。日本書紀によれば、大国主神とともに病を除く法や、虫害・鳥獣の害を除去する法を定めたとされています。
